El viaje del navegante

Se puede acceder desde Python a Oracle de manera muy sencilla. En este post se presenta una mini receta de como conseguir este propósito. Este caso se va a ver para el entorno Microsoft Windows . Se descarga Python 2.7 64 bit para Windows , desde https://www.python.org/download/releases/2.7/ , mediante el recurso https://www.python.org/ftp/python/2.7/python-2.7.amd64.msi . Se descarga el módulo de conexión de Python a Oracle , desde https://pypi.python.org/pypi/cx_Oracle/5.2 , mediante el recurso https://pypi.python.org/packages/2.7/c/cx_Oracle/cx_Oracle-5.2-11g.win-amd64-py2.7.exe#md5=e606259cfe6733e9f941ab2251c1f0bd Una vez instalado Python (64 bit) y cx_Oracle (64 bit), se prueba: C:\Users\Ángel> python Python 2.7 (r27:82525, Jul  4 2010, 07:43:08) [MSC v.1500 64 bit (AMD64)] on win32 Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> import cx_Oracle >>> db = cx_Oracle.connect

En este post se presenta una aplicación para la generación de árboles filogenéticos UPGMA a partir de un código de proteína en formato FASTA . La aplicación se puede descargar de: https://sites.google.com/site/elviajedelnavegante/codigo/FILO_TREE.zip?attredirects=0&d=1 Los árboles filogenéticos son útiles para encontrar los familiares más cercanos a nuestro organismo de estudio. Se ha implementado mediante la creación de un script Python , que utiliza la biblioteca externa BioPython para la creación de árboles filogenéticos. La aplicación permite obtener secuencias similares a partir de una secuencia de proteína dada. Estas secuencias obtenidas por Blast son procesadas con un algoritmo de alineamiento múltiple ( Clustal ), cuyo resultado sirve para crear la matriz de distancias y el árbol filogenético UPGMA. La aplicación es multiplataforma, para sistemas Microsoft Windows y Linux . La configuración permite seleccionar cuántas secuencias como máximo se quiere u

Hola. En este post presento un script muy sencillo para calcular el total del tamaño de los ficheros pasados como parámetros. Se hace uso del módulo os para tratamiento de ficheros. # -*- coding: utf-8 -*- #------------------------------------------------------------------------------- # Name: sizefiles.py # Purpose: # # Author: Ángel luis # # Created: 10-04-2015 # Copyright: (c) Ángel 2015 # Licence: GPL 3 #------------------------------------------------------------------------------- import os import sys def main(): # Get files. if len(sys.argv) == 0: raw_input('I need some file names. Press any key...') else: # Arguments. files = [i for i in sys.argv] try: total_size = 0 for i in files[1:]: total_size += os.path.getsize(os.path.realpath(i)) raw_input("Total size: %d bytes. Press any key..." % total_size) except: raw_input("Files exist

Hola. En este post vamos a ver como compilar el software de modelización molecular Tinker . Lo primero es descargarse el código fuente, que se puede encontrar en: http://dasher.wustl.edu/tinker/ Instalamos la aplicación en Linux normalmente. Para compilar Tinker podemos utilizar el compilador Fortran G95 , que se obtiene de: http://www.g95.org/downloads.shtml Una vez descargado Fortran , se instala normalmente (es un paquete DEB). Una vez instalado Tinker y el compilador Fortran G95 , los pasos a seguir son los siguientes: 1) Nos vamos a la carpeta MolecularTools , que es donde está instalado Tinker. 2) En MolecularTools/tinker/linux/gfortran tenemos los ficheros make para compilar la aplicación. A estos ficheros les damos permisos de ejecución. He hecho chmod 777 sobre todos ellos. 3) Estos ficheros ( compile.make, library.make, link.make, rename.make ) se copian al directorio MolecularTools/tinker/linux/source. 4)  Nos vamos a este directorio do

Para sistemas Linux hay una forma muy fácil de compilar DB Browser for SQLite . Esta herramienta es muy útil para trabajar con bases de datos SQLite , siendo multiplataforma (Linux, Mac y Windows) y Open Source. La última versión a fecha de hoy, es la 3.5.1. Paso 1 : Bajarse el código fuente de su página web: http://sqlitebrowser.org/ La última versión: https://github.com/sqlitebrowser/sqlitebrowser/zipball/master Paso 2 : Instalarse los paquetes libqt4-dev y libsqlite3-dev . Paso 3 : Desempaquetar (o descomprimir) el código fuente. Ir a la carpeta sqlitebrowser-3.5.1 , y ejecutar:   cmake . A continuación ejecutar: make Si todo ha ido bien debe de empezar a aparecer algo como esto: El resultado es un fichero compilado, llamado sqlitebrowser , de manera que lo ejecutamos: ./sqlitebrowser Abriéndose la aplicación: Saludos.