sábado, 11 de abril de 2015

Script para calcular tamaño de ficheros pasados como parámetros

Hola. En este post presento un script muy sencillo para calcular el total del tamaño de los ficheros pasados como parámetros. Se hace uso del módulo os para tratamiento de ficheros.

# -*- coding: utf-8 -*-
#-------------------------------------------------------------------------------
# Name:        sizefiles.py
# Purpose:
#
# Author:      Ángel luis
#
# Created:     10-04-2015
# Copyright:   (c) Ángel 2015
# Licence:     GPL 3
#-------------------------------------------------------------------------------

import os
import sys

def main():
    # Get files.
    if len(sys.argv) == 0:
        raw_input('I need some file names. Press any key...')
    else:
        # Arguments.
        files = [i for i in sys.argv]
        try:
            total_size = 0
            for i in files[1:]: total_size += os.path.getsize(os.path.realpath(i))
            raw_input("Total size: %d bytes. Press any key..." % total_size)
        except:
            raw_input("Files exists?. Press any key...")

if __name__ == '__main__':
    main()

La forma de ejecutarlo es python sizefiles.py fichero1 fichero2 ficheroN. Devuelve la suma del tamaño en bytes de los ficheros pasados como parámetros.

Saludos.

miércoles, 8 de abril de 2015

Compilar Tinker Molecular Modeling en Linux

Hola. En este post vamos a ver como compilar el software de modelización molecular Tinker.


Lo primero es descargarse el código fuente, que se puede encontrar en:

http://dasher.wustl.edu/tinker/

Instalamos la aplicación en Linux normalmente.

Para compilar Tinker podemos utilizar el compilador Fortran G95, que se obtiene de:

http://www.g95.org/downloads.shtml

Una vez descargado Fortran, se instala normalmente (es un paquete DEB).

Una vez instalado Tinker y el compilador Fortran G95, los pasos a seguir son los siguientes:

1) Nos vamos a la carpeta MolecularTools, que es donde está instalado Tinker.



2) En MolecularTools/tinker/linux/gfortran tenemos los ficheros make para compilar la aplicación. A estos ficheros les damos permisos de ejecución. He hecho chmod 777 sobre todos ellos.


3) Estos ficheros (compile.make, library.make, link.make, rename.make) se copian al directorio MolecularTools/tinker/linux/source.



4)  Nos vamos a este directorio donde se encuentra el código fuente y vamos ejecutando uno a uno los fichero make:


./compile.make
./library.make
./link.make
./rename.make


5) En la carpeta MolecularTools/tinker/bin aparecen nuestros ficheros compilados:


Ya podemos ejecutar perfectamente Tinker, en MolecularTools, mediante Force Field Explorer.


¿Por qué compilar? Hay veces que se instala Tinker con unos binarios por defecto, y a la hora de generar la molécula simplemente no la visualiza. Es necesario compilar la aplicación, y una forma de hacerlo es mediante el compilador Fortran G95.


Saludos.

sábado, 28 de marzo de 2015

Compilando DB Browser for SQLite 3.5.1

Para sistemas Linux hay una forma muy fácil de compilar DB Browser for SQLite. Esta herramienta es muy útil para trabajar con bases de datos SQLite, siendo multiplataforma (Linux, Mac y Windows) y Open Source.

La última versión a fecha de hoy, es la 3.5.1.

Paso 1: Bajarse el código fuente de su página web: http://sqlitebrowser.org/

La última versión: https://github.com/sqlitebrowser/sqlitebrowser/zipball/master

Paso 2: Instalarse los paquetes libqt4-dev y libsqlite3-dev.

Paso 3: Desempaquetar (o descomprimir) el código fuente. Ir a la carpeta sqlitebrowser-3.5.1, y ejecutar:  

cmake .

A continuación ejecutar:

make

Si todo ha ido bien debe de empezar a aparecer algo como esto:


El resultado es un fichero compilado, llamado sqlitebrowser, de manera que lo ejecutamos:

./sqlitebrowser

Abriéndose la aplicación:





Saludos.