miércoles, 8 de abril de 2015

Compilar Tinker Molecular Modeling en Linux

Hola. En este post vamos a ver como compilar el software de modelización molecular Tinker.


Lo primero es descargarse el código fuente, que se puede encontrar en:

http://dasher.wustl.edu/tinker/

Instalamos la aplicación en Linux normalmente.

Para compilar Tinker podemos utilizar el compilador Fortran G95, que se obtiene de:

http://www.g95.org/downloads.shtml

Una vez descargado Fortran, se instala normalmente (es un paquete DEB).

Una vez instalado Tinker y el compilador Fortran G95, los pasos a seguir son los siguientes:

1) Nos vamos a la carpeta MolecularTools, que es donde está instalado Tinker.



2) En MolecularTools/tinker/linux/gfortran tenemos los ficheros make para compilar la aplicación. A estos ficheros les damos permisos de ejecución. He hecho chmod 777 sobre todos ellos.


3) Estos ficheros (compile.make, library.make, link.make, rename.make) se copian al directorio MolecularTools/tinker/linux/source.



4)  Nos vamos a este directorio donde se encuentra el código fuente y vamos ejecutando uno a uno los fichero make:


./compile.make
./library.make
./link.make
./rename.make


5) En la carpeta MolecularTools/tinker/bin aparecen nuestros ficheros compilados:


Ya podemos ejecutar perfectamente Tinker, en MolecularTools, mediante Force Field Explorer.


¿Por qué compilar? Hay veces que se instala Tinker con unos binarios por defecto, y a la hora de generar la molécula simplemente no la visualiza. Es necesario compilar la aplicación, y una forma de hacerlo es mediante el compilador Fortran G95.


Saludos.

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